براى غيبت امام عصر عليه السلام علت و حكمت‌هاى زيادى در مجموعه روايات اهلبيت عليهم السلام ذكر شده است. در روايات اميرالمومنين عليه السلام حداقل به سه علت اشاره شده است؛ يعنى شناخته شدن اهل هدايت از اهل گمراهى و ضلالت، و نداشتن بيعت ظاهرى هيچيك از سلاطين، و كوتاهى و ناسپاسى و ظلم مردم به عنوان فلسفه غيبت بيان گرديده است.
18 - ان القايم منا اذا قام لم يكن لاحد فى عنقه بيعه فلذلك تخفى ولادته و يغيب شخصه(21)
همانا قايم از ما آنگاه كه قيام كند بيعت كسى در گردن او نخواهد بود و به همين خاطر است كه تولد او به صورت پنهانى واقع خواهد شد و وجود او از ديد و نظر مردم غايب خواهد بود.
19 -... فقال على عليه السلام... اما والله لاقتلن انا و ابناى هذان و ليبعثن الله رجلا من ولدى فى آخر الزمان يطالب بدماينا و ليغيبن عنهم تمييزا لاهل الضلاله حتى يقول الجاهل ما لله فى آل محمد من حاجه.(22) امير مومنان‌عليه السلام در حاليكه امام حسن‌عليه السلام و امام حسين عليه السلام حضور داشتند خطاب به مردم فرمودند: اى مردم! آگاه باشيد، سوگند به خدا من و اين دو فرزندم به قتل خواهيم رسيد. آن گاه خداوند شخصى از فرزندان مرا در آخر الزمان ظاهر خواهد كرد تا خون ما را از ستمگران طلب كند. او از ديده مردم غايب خواهد بود تا اهل ظلالت و گمراهى از ديگران شناخته شوند و اين غيبت به قدرى طولانى خواهد شد كه مردمان نادان خواهند گفت: خداوند برنامه‌اى در آل محمدصلى الله عليه وآله وسلم ندارد.
20 -... ان اميرالمومنين عليه السلام قال على منبر الكوفه...: واعلموا ان الارض لا تخلو من حجه لله و لكن الله سيعمى خلقه منها بظلمهم و جورهم و اسرافهم على انفسهم(23)
... مفضل بن عمر از امام صادق‌عليه السلام روايت كرده است كه آن حضرت فرمود: روزى اميرالمومنين عليه السلام در بالاى منبر مسجد كوفه فرمودند:... اى مردم! بدانيد زمين هرگز از حجت خدا (امام معصوم) خالى نخواهد ماند. اما خداوند متعال به زودى مردم را به خاطر ظلم و ستم و همينطور اسرافى كه درحق خودشان انجام مى‌دهند از ديدن حجت الهى محروم خواهد كرد. [يعنى مردم به جهت اعمال خودشان در آينده از ديدن امام معصوم محروم خواهند شد].